Stavba o délce 11,770 km je jednou z těch, které obsahují velký uzel a nevyznačují se problémy s přípravou. I proto měla být zahájena už v lednu 2007 (v případě zajištění financování z EU i v roce 2006) a dokončena v prosinci 2008. Odhad nákladů mluví o 3,4 mld. Kč včetně DPH. Již v roce 2005 byla dohotovena projektová dokumentace z dílny pražského SUDOPu. Stavba od Prahy začíná v drážním km 83,470. Záhy následuje táborské nádraží, kde bude dokončena peronizace pomocí druhého ostrovního perónu (o délce shodné s původním, tj. 350 m). Staré nástupiště bude zvýšeno a zastřešení upraveno. Na místě skladiště severně od budovy vyroste nástupiště o délce 100 metrů u kusé koleje pro vlaky směr Milevsko. Kolej před budovou tedy nebude sloužit osobní dopravě. Na jižním zhlaví dojde k přestavbě oblouku o poloměru 400 m na r=1000 m. Průjezdná rychlost stanicí bude 85 km/h. Na sever od stanice bude posunut most ve směru na Prahu, aby umožnil rychlost 110 km/h pro naklápěcí jednotky. V úseku Tábor - Planá nad Lužnicí bude dosazena druhá kolej, což si vyžádá několik opěrných zdí a náspů. Drobně se posune osa několika oblouků pro umožnění rychlosti 125/160 až 160 km/h. V zastávce Sezimovo Ústí vzniknou dlouhá nástupiště (270 m) a podchod. V km 79,208 vznikne v blízkosti obchodní zóny nová zastávka Tábor-Čápův dvůr. Severní zhlaví v Plané nad Lužnicí dozná přestavby oblouku z poloměru 400 m na 4000/7000 m. Vyvolá to nutnost zboření drážního domku. Ve stanici dojde k plné peronizaci pomocí jednoho ostrovního nástupiště mezi 1. a 2. kolejí. Kvůli požadavku zachování počtu vlečkových kolejí bude za dopravní považována současná kolej č.3 okolo sila (to musí být zbořeno). Až po hranici stavby v km 71,700 bude provedeno prosté zdvoukolejnění. Celkem bude položeno 29 výhybek UIC60, 14 výhybek S49, rekonstruováno 14 mostů a postaveno 5 nových.

V březnu 2006 bylo skutečně zveřejněno předběžné oznámení o VŘ na tuto stavbu, které počítalo s realizací už od 15.8.2006! Stavba se stala 1. částí "Modernizace trati Veselí nad Lužnicí - Tábor" a náklady měly činit včetně DPH asi 3,36 mld. Kč. Termín dokončení byl stanovem na konec roku 2008. V červnu 2006 bylo skutečně zveřejněna řádná soutěž, ovšem už s trochu "jinými parametry". Realizace se posunula na 1.12.2006 - 31.5.2010.

Úsek začíná netradičně před zastávkou Doubí u Tábora (km 71,700) a přes stanice Roudná a Soběslav pokračuje do Veselí nad Lužnicí (km 56,000). Kromě esíčka před Soběslaví vyhovuje prakticky celý rychlosti 160 km/h. Kamenem úrazu je právě ono pokroucení tratě v lokalitě bez možnosti přeložky (rybník, zástavba), které ničí hladký rychlostní profil na desítky kilometrů dlouhém úseku. Navržena proto byla přeložka o délce přes 9 km, která začíná hned na počátku stavby (ne náhodou byla hranice stanovena právě zde). Poté se vzdaluje vlevo od původní trati (nedaleko za oddělením je přesunutá zastávka Doubí u Tábora) a po objetí obce Janov pokračuje v souběhu s budoucí dálnicí D3 přes novou zastávku Roudná (u vsi Myslkovice) až před Soběslav, kam se stočí elegantním obloukem. Rychlost je samozřejmě v celé délce 160 km/h. Nová přeložka o délce cca 9 km zkrátí trasu o zhruba 400 metrů. Nepříznivý je značný objem zemních prací (až 12 metrů hluboké zářezy a 13 m vysoké náspy - možná je realizace až 4 hloubených tunelů). Veselý není ani sklon 12,5 promile v úseku Janov - Doubí. Sporné je zatím konkrétní vedení trati ve vztahu k dálnici (počítá se s osovou vzdáleností 100 až 150 metrů) a k okolním obcím (zejména Zvěrotice jsou velkým odpůrcem trasy). "Konkurenční" optimalizační varianta počítá s rychlostí cca 100/130 km/h na soběslavských obloucích, dále pak 120/160 km/h. Vyžadovala by kompletní přestavbu severního zhlaví v Soběslavi včetně demolice skladiště a obytného domku. Posuny os v obloucích jsou mimo jiné limitovány nedalekým nadjezdem. Dále trať pokračuje přes zastávku Roudná (místo dnešní stanice, část budovy by sloužila jako čekárna) až do Doubí. Na trase je nutno zbudovat několik opěrných a zárubních zdí a nový nadjezd v Doubí. Podle vyjádření SŽDC je sledována již pouze varianta modernizační, což ostatně potvrdili svým schválením v listopadu 2005 i krajští zastupitelé. V Soběslavi bude vybudováno jedno ostrovní nástupiště mezi 1. a 2. kolejí. Ve zbylém úseku do Veselí nad Lužnicí dojde kromě výstavby druhé koleje jen ke zvětšení poloměru oblouku v zastávce Řípec na 2000 m a zřízení podchodu v téže zastávce (zrušen přejezd). V roce 2004 byla dokončena přípravná dokumentace. V roce 2005 město Soběslav schválilo prodej pozemků v budoucí trase koridoru pro SŽDC.